在線期刊《電子生活》發(fā)表了第一篇文章《計(jì)算的可再現(xiàn)性》，在這篇文章中，這些數(shù)字與生成它們所需的軟件、數(shù)據(jù)和計(jì)算環(huán)境相結(jié)合。
讀者可以更改底層代碼并生成修改后的數(shù)字，以更好地理解、驗(yàn)證或構(gòu)建作品。例如，他們可以重新運(yùn)行代碼來(lái)查看沒(méi)有異常值的圖表，或者使用不同類型的圖表來(lái)更有效地顯示趨勢(shì)。
研究人員說(shuō)，可重復(fù)的文章，其中在線生活首次以其傳統(tǒng)格式出版，去年1，是走向未來(lái)的一步，報(bào)紙不僅是靜態(tài)頁(yè)面，也是重要的一步。
“eLife正在做的是承諾研究文章的升級(jí)，這樣它就不僅僅是書(shū)面文字，而是這種多方位的交流媒介，其中包括數(shù)據(jù)和代碼作為不可或缺的一部分，”DC華盛頓喬治華盛頓機(jī)械工程大學(xué)的航空航天工程師和重復(fù)性專家Lorena Barba說(shuō)。
根據(jù)英國(guó)劍橋eLife產(chǎn)品和用戶體驗(yàn)主管朱利亞諾麥克西奇的說(shuō)法，這篇文章是該雜志現(xiàn)在計(jì)劃擴(kuò)大規(guī)模的技術(shù)原型。想要使用類似功能的作者可以聯(lián)系期刊進(jìn)行考慮。
共享代碼
這些技術(shù)將使研究人員在未來(lái)更容易重用彼此的代碼。用戶不能上傳自己的數(shù)據(jù)并將其添加到數(shù)字中，但Maciocci表示，計(jì)劃是讓他們最終下載這些文章并在自己的計(jì)算機(jī)上運(yùn)行，例如，使用作者的代碼分析自己的發(fā)現(xiàn)。
重用這種軟件通常很困難，這涉及到一組令人困惑的相互依賴的工具，每個(gè)工具都必須下載和安裝。eLife的概念驗(yàn)證版本允許用戶查看和執(zhí)行文章主體中的代碼，而無(wú)需安裝。“讀者在執(zhí)行代碼和使用數(shù)據(jù)時(shí)沒(méi)有摩擦，”巴爾巴解釋道。
在推特上，紐約洛克菲勒大學(xué)的神經(jīng)生物學(xué)家柯里巴格曼將這一進(jìn)展描述為“未來(lái)的論文”?！靶碌膃Life格式提供了更多共享數(shù)據(jù)和分析的機(jī)會(huì)，從而建立了相互的工作，”Bargmann在后續(xù)郵件中補(bǔ)充道。
加州大學(xué)戴維斯分校的生物信息學(xué)專家泰特斯布朗說(shuō)，制作可重復(fù)文檔的能力并不新鮮。研究人員可以通過(guò)將提供交互式實(shí)驗(yàn)室筆記本的Jupyter Notebook等工具與允許他人執(zhí)行代碼的基于云的軟件Binder結(jié)合起來(lái)，自己完成這項(xiàng)工作。布朗說(shuō)：“缺少的是與出版商的整合?！?
計(jì)算膠囊
一些期刊，包括標(biāo)題為F1000Research、GigaScience和Cell Press的期刊，允許作者在文章中嵌入來(lái)自基于云的平臺(tái)Code Ocean的可執(zhí)行“計(jì)算膠囊”，代碼和執(zhí)行環(huán)境以交互小部件的形式呈現(xiàn)。2018年8月，Nature Methods、Nature Biotechnology和Nature Machine Intelligence與Code Ocean啟動(dòng)了一個(gè)試點(diǎn)項(xiàng)目，使用該公司的計(jì)算膠囊進(jìn)行同行評(píng)審。
ELife是第一個(gè)將代碼變成文章本身一部分的期刊。
2月20日發(fā)表的增強(qiáng)型eLife文章描述了復(fù)制2012年論文2的嘗試，該論文討論了癌細(xì)胞中頻繁突變的基因如何影響其他基因的表達(dá)。這項(xiàng)研究是作為可重復(fù)性項(xiàng)目的一部分進(jìn)行的：癌癥生物學(xué)是一項(xiàng)評(píng)估腫瘤學(xué)研究結(jié)果可重復(fù)性的系統(tǒng)工作，由弗吉尼亞州夏洛茨維爾的開(kāi)放科學(xué)中心和加利福尼亞州帕洛阿爾托的科學(xué)交流中心領(lǐng)導(dǎo)。
使用一組名為eLife可重復(fù)文檔堆棧的開(kāi)源工具，包括Binder和一個(gè)名為模板桌面的特殊文檔編輯器，可重復(fù)的文章看起來(lái)像任何其他文章，除了每個(gè)圖形都用一個(gè)藍(lán)色小箭頭裝飾。當(dāng)用戶單擊圖標(biāo)時(shí)，用于生成圖形的編程代碼將顯示在實(shí)時(shí)內(nèi)聯(lián)文本編輯器中。當(dāng)用戶更改代碼時(shí)，圖形將被更新，允許用戶調(diào)整數(shù)據(jù)顯示(參見(jiàn)“計(jì)算再現(xiàn)性”)或測(cè)試刪除異常值的效果。
爆炸物地圖
賓夕法尼亞大學(xué)佩雷爾曼醫(yī)學(xué)院的生物信息學(xué)專家凱西格林指出，例如，本文用帶有誤差條的條形圖總結(jié)了一些數(shù)據(jù)。這種配置有時(shí)被輕蔑地稱為爆炸陰謀，因?yàn)樗愃朴诳褚暗奈鞣奖ɡ坠堋宜赡軙?huì)掩蓋基本數(shù)據(jù)。使用這篇可重復(fù)的文章，讀者可以用另一種風(fēng)格重現(xiàn)情節(jié)，更有效地揭示趨勢(shì)。然而，他們不能與其他讀者分享這種修改，這是格林希望看到的一個(gè)特征。“對(duì)我來(lái)說(shuō)，這將是這項(xiàng)技術(shù)的明顯勝利，”他說(shuō)。
根據(jù)Maciocci的說(shuō)法，宣布這篇文章的博文是出版商中最受歡迎的一篇，自2月20日以來(lái)，擁有超過(guò)7500個(gè)獨(dú)特的瀏覽量；文章本身的用戶不到2000人?！拔覀兘^對(duì)有責(zé)任繼續(xù)推廣內(nèi)容?！?
他指出，這篇文章的所有軟件都是開(kāi)源的，任何感興趣的出版商都可以使用，但他還沒(méi)有聯(lián)系《華爾街日?qǐng)?bào)》。
作為原型，文章缺少參考文獻(xiàn)和補(bǔ)充數(shù)據(jù)，但Macioci表示，這些將在以后的文章中提供。
對(duì)于研究作者、開(kāi)放科學(xué)中心主任蒂姆埃林頓來(lái)說(shuō)，這份文件代表了研究文章本身的演變?！斑@對(duì)我來(lái)說(shuō)可能是一個(gè)進(jìn)步。作為一名研究人員，我不必將我的內(nèi)容從我的可重復(fù)工作流轉(zhuǎn)移到平面版本，這樣您就可以查看它——事實(shí)上，它可能只會(huì)暴露我所做的事情。”
他承認(rèn)還沒(méi)有，但這是一個(gè)開(kāi)始?！皢?wèn)題是，我們現(xiàn)在該怎么辦？我們?nèi)绾尾拍芾^續(xù)做得更好？”
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