生物標志物通常在癌癥管理過程中用于指導治療決策和預測患者預后。然而，通常很難確定合適的生物標志物，這些生物標志物可以始終如一地復制，并且很容易用有限的患者樣本進行分析。在 5 月 1 日《癌癥研究》雜志封面上的一項新研究中，莫菲特癌癥中心的研究人員報告了他們基于一種稱為甲基化的基因修飾來識別生物標志物，這種基因修飾可以預測腫瘤免疫環(huán)境的類型和患者的預后。
基因受到可以促進或阻止其表達的特定修飾的高度調節(jié)。一種稱為甲基化的表觀遺傳修飾涉及將甲基化學基團連接到基因的特定區(qū)域。通常，基因啟動子區(qū)域的甲基化水平較高往往與較低的基因表達水平相關。最近，研究表明遺傳甲基化模式可能是潛在的生物標志物。使用甲基化作為生物標志物與常用的基因表達生物標志物相比具有幾個優(yōu)點，包括使其易于在臨床環(huán)境中使用的可重復性和穩(wěn)定性，不同測試技術之間的差異較小，并且能夠使用冷凍或固定在甲醛中并包埋在石蠟中的組織樣本。
目前，溶細胞活性評分是一種成熟的生物標志物，可根據(jù)基因表達預測腫瘤浸潤淋巴細胞的存在。腫瘤浸潤淋巴細胞是一種已從血液中移出并進入腫瘤的免疫細胞。腫瘤中大量腫瘤浸潤淋巴細胞的存在通常與患者預后的改善有關。溶細胞活性評分通過測量基因表達模式來預測腫瘤浸潤淋巴細胞的存在，特別是細胞毒性 T 細胞。
在他們的研究中，Moffitt 研究人員希望找到比常用生物標志物更好的生物標志物，例如溶細胞活性評分(用于識別熱/冷腫瘤)。他們提出了基于腫瘤的表達數(shù)量性狀甲基化的概念，該概念將基因甲基化模式與基因表達相關聯(lián)，以識別潛在的生物標志物。研究人員將黑色素瘤作為一種疾病模型進行了研究，并評估了他們是否可以識別出一種特定的甲基化特征，該特征可以預測腫瘤的免疫環(huán)境和患者的預后。
研究小組發(fā)現(xiàn)，黑色素瘤樣本中的甲基化序列可以作為細胞溶解活性評分的替代生物標志物，并預測腫瘤中免疫環(huán)境的類型。通過進行更有針對性的分析，他們確定稱為 TCF7 的單個基因的甲基化可以預測腫瘤中的 T 細胞是否具有抗腫瘤特性，并且他們發(fā)現(xiàn) TCF7 特征與溶細胞活性評分相結合可以預測患者的預后。具體而言，具有低 TCF7 特征和高溶細胞活性評分的黑色素瘤患者比其他特征組合具有更長的生存期。研究人員證實了其他腫瘤類型(包括腎癌、食管癌、神經(jīng)膠質瘤、肉瘤和肺癌)中低 TCF7/高溶細胞活性評分之間的關??聯(lián).此外，研究人員確定 TCF7 簽名可以獨立于其他變量預測患者結果。
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