一種新的快速穩(wěn)健的單細(xì)胞分析方法

我們身體中的許多細(xì)胞類(lèi)型以一種模糊的方式工作，這并沒(méi)有被科學(xué)完全理解。這也適用于免疫細(xì)胞，這對(duì)保護(hù)我們免受?chē)?yán)重疾病的侵害非常重要。

為了克服這一障礙，研究人員做了大量的努力來(lái)尋找研究單細(xì)胞內(nèi)功的新方法。

“挑戰(zhàn)不僅僅是從組織樣本中分離出單個(gè)細(xì)胞。我們?nèi)匀恍枰业揭环N方法來(lái)確定單個(gè)細(xì)胞的功能，”生物化學(xué)和分子生物學(xué)系助理教授兼首席研究員Kedar Nath Natarajan說(shuō)。南丹麥大學(xué)。

在由韋爾科姆桑格研究所的凱達(dá)納特納塔拉詹和陳曦領(lǐng)導(dǎo)的一項(xiàng)新研究中，一個(gè)研究小組開(kāi)發(fā)了一種對(duì)器官和組織中的微小單細(xì)胞進(jìn)行顯微分析的新方法。

這種新方法可以分析來(lái)自脾臟的3000多個(gè)細(xì)胞，脾臟是各種免疫細(xì)胞的熱點(diǎn)。細(xì)胞可以抵抗感染，但也可以提供日常免疫和反應(yīng)。

不斷開(kāi)發(fā)新方法，用顯微鏡觀察器官和組織中的微小單細(xì)胞。原理是研究生的基本藍(lán)圖，也就是DNA以及如何將其包裝在單個(gè)細(xì)胞中。這個(gè)包叫做染色質(zhì)，它指示藍(lán)圖中的哪些基因被打開(kāi)和關(guān)閉，從而決定它是變成血細(xì)胞、皮膚細(xì)胞、免疫細(xì)胞、癌細(xì)胞還是其他類(lèi)型的細(xì)胞。

Kedar Nath Natarajan說(shuō)：“我們的新方法描述了單個(gè)細(xì)胞中的染色質(zhì)，并為現(xiàn)有技術(shù)提供了一種強(qiáng)大、可擴(kuò)展和更便宜的替代方案，現(xiàn)有技術(shù)需要昂貴的基礎(chǔ)設(shè)施、特殊試劑和設(shè)備。

他與韋爾科姆桑格研究所的第一作者陳曦一起，領(lǐng)導(dǎo)了新方法的開(kāi)發(fā)，并引入了各種細(xì)胞，包括免疫細(xì)胞、干細(xì)胞等。韋爾科姆桑格研究所的另一個(gè)貢獻(xiàn)者是里卡多米拉蓋亞，該研究已在通訊作者薩拉泰希曼的實(shí)驗(yàn)室中完成。

本文摘要給出如下描述：

通過(guò)測(cè)序確定轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)(ATAC序列)被廣泛用于鑒定全基因組中的調(diào)節(jié)區(qū)。然而，由于技術(shù)挑戰(zhàn)，很少在單細(xì)胞水平上進(jìn)行研究(scATAC-seq)。在這里，我們開(kāi)發(fā)了一個(gè)簡(jiǎn)單而強(qiáng)大的基于板的scATACseq方法，它將前端批處理Tn5標(biāo)記與單核排序相結(jié)合。我們已經(jīng)證明，我們的方法在各種系統(tǒng)中穩(wěn)健地工作，包括來(lái)自原代組織的新鮮和冷凍保存的細(xì)胞。通過(guò)分析3000多個(gè)脾細(xì)胞，我們鑒定了不同的免疫細(xì)胞類(lèi)型，并揭示了細(xì)胞類(lèi)型特異性調(diào)節(jié)區(qū)和相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子。

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