近年來，癌癥研究有了顯著改善，這主要歸功于下一代測序 (NGS) 技術(shù)。因此，產(chǎn)生了大量的基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。在大多數(shù)情況下，會使用研究目標(biāo)所需的數(shù)據(jù)，并丟棄不需要的讀數(shù)。然而，這些被淘汰的數(shù)據(jù)包含相關(guān)信息。為了檢驗這一假設(shè)，研究人員從公共數(shù)據(jù)集中獲取了基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。
在Oncotarget上發(fā)表的一項新研究觀點中，北里奧格蘭德州聯(lián)邦大學(xué)的 Instituto Metrópole Digital 和 Núcleo de Pesquisas em Oncologia 以及帕拉聯(lián)邦大學(xué)的 Instituto de Ciências Biológicas 的研究人員使用宏基因組工具探索基因組癌癥數(shù)據(jù);額外的注釋用于探索來自 miRNA 實驗的差異表達的 ncRNA，并且還研究了來自 RNA-seq 實驗的腫瘤樣本附近的變異。
“在這里，我們展示了從高通量癌癥研究產(chǎn)生的非靶向信息中獲益的潛在策略，”研究人員說。
在所有分析中，都獲得了新數(shù)據(jù)：從 DNA-seq 數(shù)據(jù)中，微生物組分類學(xué)的特征與專用宏基因組研究的性能相似;從 miRNA-seq 數(shù)據(jù)中，發(fā)現(xiàn)了額外的差異表達的 sncRNA;在腫瘤和腫瘤附近的組織數(shù)據(jù)中，發(fā)現(xiàn)了體細胞變異。
這些發(fā)現(xiàn)表明，來自 NGS 實驗的未探索數(shù)據(jù)可以幫助闡明致癌作用并發(fā)現(xiàn)具有臨床應(yīng)用的推定生物標(biāo)志物。應(yīng)考慮對實驗設(shè)計進行進一步調(diào)查，提供優(yōu)化數(shù)據(jù)的機會，節(jié)省時間和資源，同時允許從同一樣本和實驗運行中訪問多個基因組觀點。
“總而言之，我們的結(jié)果強化了這樣一個假設(shè)，即可以從 NGS 中提取大量額外的和潛在有用的信息。此外，對每個可用信息的綜合調(diào)查應(yīng)該對每個實驗的分子場景提供更廣泛和更可靠的解釋，”研究人員總結(jié)道.
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