科學家們已經(jīng)開發(fā)出人工智能軟件,該軟件可以制造出可用作疫苗、癌癥治療,甚至是消除空氣中碳污染的工具的蛋白質(zhì)。
這項研究今天發(fā)表在《科學》雜志上,由華盛頓大學醫(yī)學院和哈佛大學領導。這篇文章的標題是“使用深度學習搭建蛋白質(zhì)功能位點”。
“我們在自然界中發(fā)現(xiàn)的蛋白質(zhì)是驚人的分子,但設計的蛋白質(zhì)可以做得更多,”資深作者、HHMI 研究員、華盛頓大學醫(yī)學院生物化學教授大衛(wèi)貝克說。“在這項工作中,我們表明機器學習可用于設計具有多種功能的蛋白質(zhì)。”
幾十年來,科學家們一直在使用計算機來嘗試設計蛋白質(zhì)。一些蛋白質(zhì),如抗體和合成結合蛋白,已被改編成藥物來對抗 。其他的,如酶,有助于工業(yè)制造。但是一個蛋白質(zhì)分子通常包含數(shù)千個鍵合原子。即使使用專門的科學軟件,它們也難以研究和設計。
受機器學習算法如何根據(jù)提示生成故事甚至圖像的啟發(fā),該團隊著手構建類似的軟件來設計新的蛋白質(zhì)。“這個想法是一樣的:可以訓練神經(jīng)網(wǎng)絡來查看數(shù)據(jù)中的模式。一旦訓練,你可以給它一個提示,看看它是否可以生成一個優(yōu)雅的解決方案。結果通常是令人信服的——甚至是漂亮的,”lead 說作者約瑟夫·沃森(Joseph Watson)是華盛頓大學醫(yī)學院的博士后學者。
該團隊使用來自蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的信息訓練了多個神經(jīng)網(wǎng)絡,該數(shù)據(jù)庫是一個公共存儲庫,包含來自所有生命王國的數(shù)十萬蛋白質(zhì)結構。由此產(chǎn)生的神經(jīng)網(wǎng)絡甚至讓創(chuàng)造它們的科學家都感到驚訝。
該團隊開發(fā)了兩種設計具有新功能的蛋白質(zhì)的方法。第一個被稱為“幻覺”,類似于 DALL-E 或其他基于簡單提示產(chǎn)生新輸出的生成 AI 工具。第二個被稱為“修復”,類似于現(xiàn)代搜索欄和電子郵件客戶端中的自動完成功能。
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